hryk.

ubuntu release jp

Keggとbiocycの説明

kegg-
いろんな機能あるよ。乗り換え案内とか。

byocyc
ecocycとかaracycとか。
データベースもしっかり作ってある。オントロジーに関してはいちばんちゃんとサポート？

ecocyc
大腸菌に関しては情報が最大、metacycは自動だからねー

metabolic chart
提供している全体マップのチャートが出てくる。
クリックすると各pathwayが大きく表示。さらにクリックすると、詳細

ERGO
有料になっちった
以前はWITってフリーのデータベースがあったけど、seed, pumaという派生プロジェクトがあるよ。

keggは国産。わかりやすい。結構網羅的
ただ、細かい情報では間違った表記もある。
全部の生物に関して同じパスウェイを仮定する手法は成功しないこともあるよ・そもそも無理がある。

オントロジーの概念がしっかりしてるけど、名前の付け方は機械的。

ARM
有田さんの作ってるデータベース
代謝ネットワークを原子レベルで表現
http://metabolome.jp
どこの部分の炭素が外れるか、とか物質ごとに追っていける。
keggの乗り換え案内よりももう少し正確
ただ、この情報は集めにくい。生物種は限られるよ

遺伝子発現ネットワーク
TRANSFAC(有料)
転写因子ネットワーク、すごく古いバージョンは無料・
RegulonDB
大腸菌

シグナル伝達
TRANSPATH(有料)
SPAD
Signaling Gateway(Nature)
あのネイチャー、サイエンスが。。
Scienceのほうが強い(STKE)
論文、パスウェイマップを

ここは戦国時代。

遺伝子発現データ
Interactome
PDI PPI PPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPP
ただし、若干使い方に注意が必要
とランスクリプトームのデータ
アレイ同士で共通するのは非常に少ない。ノイズが多いため、そのまま信用するわけにはいかない。
PPIもFPがすげーおおい。Y2Hは気をつけたほうがいい。
では？
正規化、filtering
PPI->パスウェイではなく、パスウェイ->PPIであるべき
パスウェイのコンテキストで解釈してやる
扱い方は慎重になったほうがいい。metabolomeも

課題

有害イオンを浄化するバクテリアがいる。遺伝子改変してより効率のよい環境浄化や発電を行うプロジェクト
これまでの授業で取り上げたツールのみを使って、何を、なぜ、どのような組み合わせで使ってターゲット遺伝子を見つけますか＿？

コンプリートゲノムあり
近縁種として、発電はしないけど金属イオンの還元は行うやつがいる
そのコンプリートゲノムもあるよ

今あなたの気分にぴったりな曲は何ですか？

thom yorkeの'the Eraser'. 雨が降っていてなんとなく憂鬱なので。

tracのインストールでこけまくったのでメモ。
環境はubuntuの多分Dapper.

インストールしたもの
->apt-get
trac
apache2
libapache2-svn - apache modules for Subversion (aka. svn)
libapache-mod-dav - A DAV module for Apache
*python-subversion
python2.4-svn
subversion
*python-clearsilver - python bindings for clearsilver
*python2.4-clearsilver - python bindings for clearsilver

* : apt line にunierseを追加しないとaptできない。

これらをインストールした後に、設定開始。

TracOnUbuntu

いやー、tracのインストールにこんなに手こずるとは。

ディストリビューションはubuntuで、apt-lineにuniverseを設定していなかったのがよくなかった。

clearsilverを何度もソースからmakeしようとして、ひたすら失敗してました。

apt-get install python-clearsilverで一発なのに。

# リポジトリに追加しておく事。